刑罚执行是刑事诉讼活动的重要环节之一，与侦查、起诉、审判共同构成一个完整的刑诉体系，也是实现刑罚目的的重要保障。因此，刑诉法修改应该关注刑罚执行问题。
一、关于司法行政机关统一行使刑罚执行权的问题
按照我国现行刑事诉讼法的规定，刑罚的执行分别由人民法院、司法行政机关、公安机关负责。其中，人民法院负责对罚金、没收财产和死刑立即执行判决的执行；司法行政机关管理的监狱负责执行死缓、无期徒刑和有期徒刑判决；公安机关负责执行拘役、管制、剥夺政治权利、缓刑、假释和暂予监外执行等，另外，作为公安机关机构之一的看守所有权代为执行余刑在1年以下的有期徒刑判决；对于未成年罪犯的执行，则由公安机关管理的未成年人管教所负责。可见，我国现行刑罚执行呈现出一种分散型体制，即执行权分别由多个执行机关行使，执行主体呈现多元化格局。这种分散型刑罚执行体制存在诸多的问题。首先，分别作为审判机关和侦查机关的法院和公安机关享有刑罚执行权，从根本上有悖于刑事诉讼法所规定的分工负责、互相配合、互相制约的原则，削弱了执行程序对侦查、审判程序的评价和制约功能，对刑事诉讼程序的公正运行构成威胁，社会反映强烈。其次，分散型的刑罚执行体制必然使刑罚的执行难以统一进行规划和管理，导致执行成本提高、效率降低。
因此，无论从刑事诉讼的内在价值还是从刑罚执行权的性质出发，我国现行的多元化的刑罚执行权配置模式都应当改变。其改革的方向应该是朝着一体化发展，将刑罚执行权统一由一个刑罚执行机构行使，该机构可以根据刑罚的不同种类采取不同的执行方式、选择不同的执行场所，可以动用有关的社会力量协助执行刑罚。只有在一体化的刑罚执行体制下，才能进一步保障刑罚执行程序的公正和效率，才能进一步优化刑事司法活动的资源配置。目前，我国司法行政机关承担着最主要的刑罚执行任务，管理着近200万犯人，是国家刑罚执行的主体。司法行政机关所属监狱和社区矫正机关作为刑罚执行机关，具有丰富的刑罚执行经验；其机构设置和人力资源又能够满足统一行使刑罚执行权的需要。所以，应当建立由司法行政机关统一行使刑罚执行权的刑罚执行体制，充分发挥各级司法行政部门的力量，形成公安机关（侦查）、检察机关（起诉）、人民法院（审判）、司法行政机关（执行）的刑事诉讼体制，分工负责、相互配合、相互制约，共同完成刑事诉讼任务。
因此，在立法中明确司法行政机关作为刑罚执行机关的法律地位，是落实刑事司法制度成果、目的和导向的载体。如果没有强有力的刑罚执行制度建设，则刑事侦查、审查起诉及刑事审判制度的目的都无法实现，其体现的刑罚思想及对社会的导向作用都成为空中楼阁。刑罚执行制度与侦查制度、检察制度和审判制度共同构成我国刑事司法制度的主要内容。其制度建设在刑诉法中应有所体现。建议在《刑事诉讼法》总则中明确司法行政机关作为刑罚执行机关的法律地位，将第3条修改为：“对刑事案件的侦查由公安机关负责。检察及检察机关直接受理的案件的侦查，由人民检察院负责。审判由人民法院负责。执行由司法行政机关负责。除法律特别规定的以外，其他任何机关、团体和个人都无权行使这些权力。人民法院，人民检察院、公安机关和司法行政机关进行刑事诉讼，必须严格遵守本法和其他法律的有关规定。”将第7条修改为：“在刑事诉讼过程中，承担侦查、起诉、审判、执行任务的部门应当分工负责、互相配合、互相制约，以保证准确有效的执行法律。”
再则，原第3条“拘留、执行逮捕、预审”都属于“侦查”范畴，不必重复罗列。“批准逮捕”“提起公诉”均属于“检察”范畴，亦不必重复列入。
二、关于社区矫正问题
2003年7月10日，最高人民法院、最高人民检察院、公安部和司法部联合发布了《关于开展社区矫正试点工作的通知》，就开展社区矫正试点工作作出了相关规定；2010年底，社区矫正工作在全国展开。社区矫正工作开展八年来，取得了显著成绩。已得到社会多方理解和接受。2011年2月25日通过的刑事诉讼法修正案（八）已决定“依法实行社区矫正”，因此，本次刑诉法修改中，应当将社区矫正工作正式列入刑诉法规定，并结合已经取得的经验和教训，在现有的基础上对社区矫正工作进行完善；从而从立法层面完成具有中国特色的社区矫正工作的法律规定，更好的体现党的宽严相济的刑事政策，为打击犯罪，维护稳定、保障和谐作出贡献。
（一）进一步明确社区矫正对象与执行机关
再修改后的刑诉法应当将社区矫正（试点）工作的成果法律化，对矫正对象加以整合，对社区矫正机关予以明确规定为“司法行政机关”。
首先，社区矫正属于非监禁刑的刑罚执行活动，因此，社区矫正的对象应当明确规定为所有适用非监禁刑的罪犯。建议刑诉法增加一条：“对被判处管制、剥夺政治权利而在社会上服刑，被宣告缓刑、被裁定假释、被决定监外执行的罪犯，应当接受司法行政机关组织实施的社区矫正，人民政府有关部门和基层组织及罪犯所在单位、学校予以配合”，从而明确社区矫正的对象范围及执行机关。
其次，与建立司法行政机关统一行使刑罚执行权体制相一致，在本次刑诉法修改中，应当将现行刑诉法第214条、第217条、第218条有关管制、剥夺政治权利、缓刑、假释、暂予监外执行等由公安机关负责执行或者监督考察的内容修改为由司法行政机关执行。具体而言，应将刑诉法第214条第六款修改为“对于暂予监外执行的罪犯，由司法行政机关开展社区矫正工作，负责矫正的司法行政机关应当对其严格管理监督，基层组织或者罪犯的原所在单位协助进行监督”；将第217条修改为“对于被判处徒刑缓刑、拘役缓刑的罪犯，由司法行政机关开展社区矫正工作。对于被假释的罪犯，在假释考验期限内，由司法行政机关予以监督管理和教育矫正”；将第218条修改为“对于被判处管制、剥夺政治权利的罪犯，由司法行政机关执行。执行期满，应当由社区矫正机关通知本人，并向有关群众公开宣布解除管制或者恢复政治权利”。
（二）进一步明确社区矫正辅助人员的法律地位
社区矫正工作人员是指在社区矫正中与服刑人员相对的另一个群体，是对服刑人员开展不同性质和内容的多种矫正工作的人员。从目前的试点工作来看，社区矫正工作人员大体可分为两类。其一为担负具体的刑罚执法职能的社区矫正执法人员，即在社区矫正中负责刑罚执行事务的司法行政机关的国家工作人员。其二为协助社区矫正执法人员开展有关社区矫正工作的社区矫正辅助人员，包括各类专业人员和志愿者，主要职责为协助社区矫正执法人员解决服刑人员存在的生活和就业问题、心理与行为问题、家庭与人际关系问题等。
对于前者，其诉讼地位毋庸置疑，与审判人员、检察人员、侦查人员一样，属于刑事诉讼中的国家机关工作人员。而对于后者，作为刑事诉讼活动的辅佐者，其法律地位有待进一步明确。考虑到这类辅助人员并不享有国家职权、并非以国家机关的名义参与刑事诉讼，而是以个人的身份参与刑事诉讼程序、协助社区矫正工作， 所以应当归属诉讼参与人的范畴。因此，建议将刑诉法第82条第4项修改为：“诉讼参与人是指当事人、法定代理人、诉讼代理人、辩护人、证人、鉴定人、翻译人员和社区矫正辅助人员。”从而对社区矫正辅助人员在刑事诉讼中的地位予以确认，以便其参与刑事诉讼，协助社区矫正执法人员工作，保证刑罚执行的正确执行和宽严相济刑事政策的正确执行以及社会安全、社会和谐等问题的妥善解决。
三、关于执行中的刑罚变更程序问题
（一）监外执行
1、监外执行的程序应当进一步完善
首先，再修改后的刑事诉讼法应当将暂予监外执行的决定机关予以明确。现行刑诉法第214条未规定决定暂予监外执行的机关，再修改后的刑事诉讼法应当明确：“审判阶段决定暂予监外执行的机关是人民法院；执行阶段，在监狱服刑的，决定机关是省、自治区、直辖市的监狱管理机关”。同样的，第216条应规定：“暂予监外执行的情形消失后，罪犯刑期未满的，应当由省、自治区、直辖市监狱管理机关决定及时收监”,暂予监外执行的情形是否消失，由原负责执行的监狱及社区矫正执行机关共同作出决定。
其次，在暂予监外执行决定程序中应当设置社区矫正机关调查前置程序。之所以建议设立这一前置程序，是因为暂予监外执行服刑人员必须由社区矫正机关管理，而管理这些服刑人员需要一定的条件。如医疗、管教、安全等一系列基本条件。如果不具备，则会产生很大的负作用。所以，暂予监外执行必须取得社区矫正机关的同意方可决定。建议再修改后的刑事诉讼法增设一条：“暂予