心理咨询工作是专业性很强的工作，所以需要建立严格的工作制度，提高工作要求，严格工作程序，为此阿拉尔监狱建立了符合监狱实际的工作模式。
首先在咨询对象上，把普通的心理测试、一般心理问题、严重心理问题与心理障碍、神经症及人格障碍等心理疾病结合起来，对咨询者严格按照测试、诊断、咨询、评估等操作程序进行咨询及矫治工作，对重症心理问题由专业人员进行治疗。
其次在咨询内容上，将普及性心理健康教育与个案咨询及矫治相结合，对全体服刑人员定期进行心理健康教育，新收罪犯一入监就有心理健康教育课。通过教育，揭开心理咨询神秘的面纱，使他们懂得心理卫生知识，学会认识自己、剖析自己，增强自我调整和主动咨询的意识。对个别重点个案进行有针对性的、一对一的矫治工作，改变他们的认识结构，在不同程度上平息其焦虑、抑郁、强迫等不良心理状态。
再次在咨询形式上，采取门诊咨询、团体咨询、心理讲座等多种形式，以便于服刑人员能够广泛接受。