阿拉尔监狱结合现状，本着从现实角度出发，积极改进思想，从科学、文明与人性三个切入点采取分类管理、区别对待和改造分期、放宽处遇的方式加强教育改造工作实效。
1、分类管理，区别对待
监狱根据罪犯的主观恶性程度和犯罪性质，将初偶犯、过失犯、职务犯与其他暴力、财产、经济型犯，将累惯犯与初次犯罪，将涉黑、涉恶、涉毒罪犯与一般刑事罪犯，将老病残犯与普通罪犯实行分别关押，利用根据一类罪犯管理改造的共性制定监管政策和改造对策。此外，在分类关押中，根据罪犯的不同改造表现，区别对待，宽严相济。
2、改造分期，放宽处遇
罪犯在改造的初期、中期和后期，个人的思想、态度、性格和行为是不断发生变化的。因此，阿拉尔监狱建立罪犯改造阶段性评估机制，根据不同的改造阶段，分别实行不同的关押管理对策。每个阶段的时间长短，由教育科、狱政科和分监区逐人进行评估考核。通过评估，调入后一个改造阶段所在监区服刑。